生殖器疱疹主要与硬下疳，软下疳鉴别：硬下疳为单个质硬的溃疡，无疼痛感，无复发史，实验检查USR（+）或RPR（+），梅毒螺旋体可见。软下疳为质软的溃疡，局部虽有疼痛感但无复发史，实验检查链杆菌阳性。

　　其他生殖器部位皮肤病如接触性带状疱疹、白塞病。脓疱病有时与生殖器疱疹相似，可以从病史及检查方面相区别。