性病性淋巴肉芽肿一般在染上后3个星期发病。起初在生殖器上出现一个针头大或绿豆大的糜烂、水疱、丘疹或脓疤。男性病变常发生在龟头或包皮上，女性则发生在子宫颈或阴道后穹窿上，因为无痛感，故不易发现。病变消失后，留下瘢痕。 

约两个月后，在一侧腹股沟有淋巴结肿大、疼痛、发硬，表面皮肤红肿、疼痛，以后破溃形成瘘孔，有淡黄色的脓从瘘孔流出。这时病人发烧，全身不舒适，不思饮食，关节痛，眼角膜发炎，严重者还有肝、脾肿大、贫血，甚至出现脑膜炎的症状。