①感染因素：
　　本病的免疫异常日益受到重视，多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。但在发病机制中的作用与意义尚未得出结论。有人发现某些侵犯肠壁的病原体和人结肠上皮细胞的蛋白质之间有共同的抗原性，从而推论患者的结肠粘膜经病原体重复感染后可能诱导体内产生对于自身上皮具有杀伤作用的抗体、免疫复合物或免疫淋巴细胞。
　　也有人认为溃疡性结肠炎的发病可能与某种病原体有关。在多种致病感染因素中，目前的研究表明病毒的可能性较大。因为在溃疡性结肠炎病人的肠段中分离出一种物质，其大小近似于病毒颗粒，这种分离物注入动物肠段可引起类似类病变。但这一研究结果需要重复和确认。也有人怀疑难辨梭状芽孢杆菌的毒素可能与本病的复发和活动性有关，但也可能细菌和毒素的存在是一种继发性感染。
　　②氧自由基损伤：
　　本病的病变过程有肠腔内压增高、交感神经活动增强、内源性缩血管物质活性递质等的影响，使肠血流量降低，或暂时性缺血后出现再灌流现象，能引起供氧还原不完全，特别是在肠内黄嘌呤氧花酶等作用下，导致大量氧自由基形成，损伤肠粘膜；此时细胞膜磷脂释放出花生四烯酸产物，特别是白三烯B4趋化中性粒细胞，因其中有丰富的NADPH氧化酶，进一步形成氧自由基，加重肠粘膜损伤。
　　③遗传因素：
　　前已述及本病的发病有一定的种族差异性，这也反应本病可能与遗传素质有关。据欧美文献统计，溃疡性结肠炎病人的直系血缘亲属中，约15-30%的人发病。此外，对双胞胎的研究表明，单合子比双合子更容易发病。日本学者发现，溃疡性结肠炎的某些组织抗原型如HLA-DR2和HLA-B5-DR2，较正常人明显增多。但这一现象及其与本病的发病关系尚需进一步证实。近年来的动物中已经用转基因方法成功地制作出类似人类溃疡性结肠炎的模型。因此，本病很可能与遗传基因有关，但需要进一步证实。
　　④精神因素：
　　临床上观察到精神抑郁和焦虑对本病的发生和复发可有一定影响，因此有人提出精神异常是溃疡性结肠炎的病因或诱发因素。但临床资料说明本病的精神异常或精神创伤史者并不比一般人群多见。目前多认为精神异常可能是本病反复发作所致的继发表现。