1、西医治疗：生殖器毛滴虫病，特别是毛滴虫性阴道炎，常伴有泌尿系统和肠道内的毛滴虫感染，而且毛滴虫不仅寄生于阴道及阴道粘膜的皱褶内，还可以深藏于子宫颈腺体中以及泌尿道下段，单纯局部用药不能彻底消灭病菌，应结合全身用药才能彻底治愈。灭滴灵是高效口服杀滴虫药，毒性小，疗效高，男女双方，结婚与否都可服用。口服每次 200mg，每日3次，共7天。治疗检查毛滴虫阴性后，在下一次月经后再服用一疗程，以巩固疗效。近年来，有人主张大剂量顿服法，认为较7日服法方便、有效和价廉，即1次服用2g。

　　2、中医治疗：湿热生虫是本病的主要病机，故中医治疗主要针对湿热生虫证治疗，但是湿热伤人日久，可以损伤人体肝肾之阴，所以在后期的治疗中，要特别注意滋补肝肾，兼以清热除湿。